El comandante llego a River en el mercado de pases de julio del 2017, llegaba a El Mas Grande como una apuesta a futuro, River había vendido a Sebastian Driussi al fútbol ruso y apunto a delanteros como Ignacio Scocco y Rafael Borre proveniente del Atlético de Madrid.
Tras la partida de Lucas Alario unas semanas después y peleando tres frentes Santos Borré tuvo que hacerse cargo de la delantera, alternando varios partidos con Scocco en al ataque, pero era claro que el periodo de adaptación fue fugaz para el colombiano que en esos primeros 6 meses anoto 5 goles en 19 partidos jugados.
Ya en 2018 Rafa tendria mas oportunidades, tras la llegada de Lucas Pratto River volvía a modificar su 11 inicial y el colombiano logro anotar 13 goles en todo el año en 37 partidos y junto a Ignacio Scocco fueron los goleadores anuales del millonario, Borré termino el año siendo Botín de Bronce en el Mundial de Clubes tras haber anotado 3 goles en 2 partidos.
El 2019 fue el año de consagración del colombiano, con goles importantes en Libertadores, como a Boca en semifinales y Flamengo en la final, Borré era indiscutido entre los 11. Logro convertir 16 goles en 47 partidos jugados, uno menos que Lucas Pratto quien fue el que tuvo mas presencias. El comandante seria por segundo año consecutivo el máximo anotador anual de la banda.
En el año de la pandemia Rafa convertiría 11 goles en 22 partidos jugados y se destacaría en la Superliga Argentina donde terminaría siendo goleador junto a Silvio Romero de Independiente con 12 tantos cada uno, Borré rompería una mala racha del club que tras 18 años volvería a tener un goleador de un campeonato de Primera División, el ultimo Fernando Cavenaghi con 15 goles (19 partidos) en el Clausura 2002 que River grito campeon de la mano de Ramón Diaz.
El presente año Rafa Borré lleva un total de 8 goles en 12 partidos y es junto a Armani, Diaz y Suarez los únicos del plantel en tener 100% de presencias. El pasado sábado convirtió ante Godoy Cruz de Mendoza su gol numero 53 desde que llego a River, con su primer poker en su carrera donde ya lleva 83 tantos en 227 partidos como profesional.